O governo da União Europeia tem sido sempre colocado entre o modelo de conferência inter-governamental, em que os estados mantenham todos os seus privilégios e um modelo supranacional em que uma parte da soberania dos Estados é delegada para a União. No primeiro caso, as decisões comunitárias são, de facto, tratadas entre os Estados e têm de ser tomadas por unanimidade. Este modelo, perto do princípio de organizações intergovernamentais clássicas, é defendido pelos eurocépticos. Segundo eles, são os chefes de Estado e de governo que têm legitimidade democrática para representar os cidadãos. Eles afirmam que as nações é que deveriam controlar as instituições da União Europeia. O segundo caso é o facto da actual eurofila. Eles salientam que as instituições deveriam representar os cidadãos directamente.
Para eles, com o alargamento da UE em 2004 e 2007, as modalidades do processo de tomada de decisões no âmbito das instituições deve ser adaptável, a fim de evitar qualquer risco de paralisia. A UE utiliza um modelo híbrido de governo: o Conselho de Ministros é o representante dos Estados (decisões não requerem unanimidade, o voto de cada Estado é definido através do número de habitantes de cada um) e ao Parlamento Europeu, que representa os cidadãos. Este modelo é uma chave para a luta de influências entre as três instituições europeias: o Parlamento, a Comissão e o Conselho.
Ao todo, são cinco instituições:
É a assembleia parlamentar, eleita por sufrágio universal directo pelos cidadãos da União Europeia.
Anteriormente denominado Conselho de Ministros, é o principal órgão legislativo e de tomada de decisão na UE. Representa os Governos dos Estados-membros.
Instituição politicamente independente que representa e defende os interesses da União como um todo, a proposta de legislação, políticas e programas de acção, e é responsável pela execução das decisões do Parlamento e da SES. É o órgão com poder executivo e de iniciativa.
Tribunal de Justiça da União Europeia
Garante a conformidade com a legislação da União, uma vez que os Estados-membros estão sujeitos judicialmente a ele.
Controla a legalidade e a regularidade da gestão do orçamento da UE.
Além disso, a UE tem seis órgãos principais: o Banco Central Europeu, o Comité Económico e Social, o Comité das Regiões, o Banco Europeu de Investimento, o Provedor de Justiça Europeu e a Europol.
Poder de decisão
Os documentos produzidos pela Comissão basicamente os "livros brancos" e os tratados estabelecidos, têm certos princípios. A eles antecedem um grande número de decisões. Dois princípios orientam a tomada de decisões na UE após o Tratado de Maastricht: o princípio da subsidiariedade e o princípio da proporcionalidade. Estes princípios são objecto de protocolos no Tratado de Amesterdão (1997). A Comissão Europeia tem um monopólio de direito de iniciativa mediante a preparação da maior parte das matérias atinentes ao primeiro pilar da UE (que permite aos cidadãos participarem na formação das deliberações do Conselho e do Parlamento da União) e, partilhadas com os Estados-membros, o direito sobre os outros dois pilares. O presidente da Comissão Europeia participa nas reuniões do Conselho Europeu. No final das cimeiras, o Conselho Europeu realiza as suas conclusões em relatórios para a Comissão Europeia. “Por seu lado, o Conselho Europeu atribui a cada Estado-membro, um número de votos que determinam a adopção de disposições legislativas ou que não votem. Assim, como a única instituição eleita pelos cidadãos, o Parlamento Europeu tem um grande peso: um mero órgão consultivo, no início, comprou um verdadeiro poder de co-decisão, em paridade com o Conselho de Ministros em muitas questões. Assim, em 2004, o Parlamento pode influenciar a nomeação na Comissão Europeia. A sua representatividade, no entanto, permanece minada por taxas de abstenção nas eleições de deputados, geralmente mais elevada do que nas eleições nacionais[1]”